ガイス達が『兵器』を破壊してから5年後…AC文明はさらに発展したが、同時に戦争を起こす引き金ともなってしまった。
5年の間に『中央地区』にいる住民、旧未開地区『新発展地区』の住民、そして地下『レイヤード』の住民、
この3種の地区が各自治区となり、そしてその間に戦争の火種が落ちた…
　『中央地区』の住民の代表『ザングース』は「我々こそこの星の主である、故に『レイヤード』『新発展地区』の諸君。我に従え！！」
　一方『新発展地区』の住民は「なぜだ！？我々には主はいらない！！一つの星の主を決めるなど馬鹿げたことをぬかすな！！
我々は自由に生き、生活をする！！我々は自由を求めて地上に出たのではないのか！？」
　『レイヤード』の方は「我々にはもう主がいる、主は二人といらん。各々好きに生きればよいだろう」
　しかし『中央地区』の『ザングース』は「なぜ我が理想を認めない！！我はこの星の主だ！！我に従え！！」
『中央地区』の『ザングース』はこのころ狂気への道へと進んでいた、「自分こそがこの星の主だ、なぜそれを理解せんのだ！？
なら武力行使という手段にせざるおえんぞ！？」
そして『ザングース』率いる『中央軍』が『新発展地区』『レイヤード』へ攻め入る様になってきた。
『中央軍』は次々と新開発されたACを投入し『新発展地区』『レイヤード』に進撃させた。
しかし『新発展地区』には『ガイス』が住んでいた、そして『ガイス』の働きにより第一陣は食い止めることが出来たものの
兵力、物資量、技術面で『新発展地区』は『中央軍』に劣り苦戦を強いられた、
しかし『ガイス』ほか『レイン』『ベル』『ゲイル』『エース』『イーグル』等の精鋭達の出動し『中央軍』を圧倒していった。
一方レイヤードはかなりの苦戦を強いられていた、『中央軍』に兵力面で劣っていたが新開発されたAI専用のパーツ
『レーザー無効化フィールド』（略称RF）を開発、エネルギー系の武器に関するモノの攻撃を全て無効にしてしまうモノを制作した。
さらに『中央軍』より技術面、物資量では勝るのでなんとか『中央軍』の進撃を食い止めていた。
　時が立つにつれ戦闘は激化するばかりであった、その内『レイヤード軍』が『新発展地区』にも攻め入るようになり
『新発展地区』も本腰を入れ戦争への介入を決意。
そして現在11363年、ついに『中央地区』（中央軍）『レイヤード』（レイヤード軍）『新発展地区』（新地区軍）の
三者全面戦争が起こってしまった…