裏技

◇ダイアモンドダスト
⇒装備を「アイスビーム＋チャージビーム」のみにして、パワーボムを選び数秒チャージする。

◇スターダストシャワー
⇒装備を「スペイザー＋チャージビーム」のみにして、パワーボムを選び数秒チャージする。

◇アステロイドベルト
⇒装備を「ウェイブビーム＋チャージビーム」のみにして、パワーボムを選び数秒チャージする。

◇エメラルドスプラッシュ
⇒装備を「プラズマビーム＋チャージビーム」のみにして、パワーボムを選び数秒チャージする。

◇クリスタルフラッシュ
⇒リザーブタンクが0で残りエネルギーが30以下で、なおかつミサイル・スーパーミサイル・パワーボムをそれぞれ11発以上ある状態で、パワーボムを選び丸まった状態で「下＋Ｌ＋Ｒ」を押しながらパワーボムを使ってそのままボタンを押し続ける。

◇師匠達を救出
⇒ラスボスを倒して脱出するときに初めにボムを入手した場所に行くと、ブーストジャンプと三角跳びの師匠がいるので、右下の壁を壊して脱出させてやる事が出来る。

◇究極のバグ技
⇒まずは二度目のマザーブレイン（ラスボス）まで行く。普通にダメージを与えていき、ボスがエネルギーを溜め始めたらボスに当たったりしてとにかくエネルギータンクを残り７つまで減らす。回避不可能のビームが終わるとエネルギータンクが残り４つになるのでここで一気にボスに体当たりしてエネルギータンクを無くして残り99以下にする（リザーブタンクは残っててよい）。ボスが叫んだらバグ技成功である（逆に無言でエネルギーを溜め始めたら失敗。ちなみに成功する確率は50%くらい）。ベビーメトロイドが助けに来るが、普通と違いサムスは自由に動く事が出来る。このとき、常にスペースジャンプで地面に触れないようにする。
メトロイドがボスの体力を吸いきったらサムスを回復し始めるが、全部回復してしまうと普通に戻ってしまうのでボスに当たって満タンにならないようにする。あとはボスの頭に直接チャージビームを撃ち込んで、体が赤くなったら満タンまで回復してもらう。すると面白い展開を見ることが出来る。